La innovación se enfoca en aplicar conocimientos científicos para desarrollar productos, procesos y tecnologías que mejoren la salud, la seguridad alimentaria, el medio ambiente y el bienestar general de la población. Esto abarca la creación de nuevos medicamentos, tratamientos farmacéuticos más efectivos, alimentos más seguros y sostenibles, y tecnologías químicas que promuevan la eficiencia y sostenibilidad industrial. En carreras como Química y Farmacia, Ingeniería en Alimentos, Química y Bioquímica, la innovación busca generar avances prácticos y aplicables que respondan a las necesidades de la sociedad y la industria actuales.

La Dirección de Innovación y Transferencia Tecnológica se encarga de dirigir y coordinar el diseño e implementación de estrategias, planes y presupuestos, así como de gestionar y administrar todas las acciones necesarias para promover la innovación. Además, facilita la vinculación de la Facultad con entidades nacionales e internacionales relevantes, fortaleciendo el desempeño eficaz de las actividades de innovación.